Baculaでは、Windows機のバックアップも取得することが可能です。 Windows機にはBaculaクライアントをインストール必要があります。

Bacula9.0.8以降でコミュニティ版のWindows用クライアントが復活して以下よりダウンロードして使うことが可能です。

http://blog.bacula.org/binary-download-center/